Charpentier đã được trao tặng nhiều danh hiệu và giải thưởng và chứng nhận quốc tế, trong đó có giải thưởng Đột phá (Breakthrough Prize) trong Life Sciences, giải thưởng Louis-Jeantet cho Y học, giải thưởng Gruber Foundation quốc tế về Gen; giải Leibniz, giải thưởng nghiên cứu có uy tín nhất của Đức, Japan Prize và Giải thưởng Kavli về Khoa học nano. Cô đã giành được Giải thưởng Tiên phong Khám phá của Quỹ BBVA cùng với Jennifer Doudna và Francisco Mojica, công trình tiên phong của những người đã khơi dậy "cuộc cách mạng trong sinh học được cho phép bởi các kỹ thuật CRISPR / Cas 9". Những công cụ này tạo điều kiện thuận lợi cho việc chỉnh sửa bộ gen với mức độ chính xác chưa từng có, đồng thời rẻ và đơn giản hơn nhiều so với bất kỳ phương pháp nào trước đây. Không giống như các chương trình xử lý văn bản trực quan đơn giản hiện nay, CRISPR/Cas 9 có thể "chỉnh sửa" bộ gen bằng cách "cắt và dán" các trình tự DNA: một công nghệ hiệu quả và mạnh mẽ đến mức nó đã lan truyền như cháy rừng khắp các phòng thí nghiệm trên thế giới, giải thích rõ ràng "như một công cụ để hiểu chức năng gen và điều trị bệnh". Ngoài ra, vào năm 2015, tạp chí Time đã xếp Charpentier là một trong 100 người có ảnh hưởng nhất trên thế giới (cùng với Jennifer Doudna).[19]